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La formazione e le vicende dell'Archivio comunale sono strettamente connesse alle vicissitudini storiche del territorio di Bondeno, terra di "acque e di confine", teatro di importanti mutamenti idrogeografici così come di scontri ed assedi per la strategica posizione di frontiera.
Tra le fonti archivistiche più antiche figurano documenti come gli atti statutari del XIV secolo, risalenti al periodo in cui gli Estensi confermarono il pieno controllo su quest'area, estremamente importante per la difesa del potere signorile. All'epoca il territorio aveva già acquisito una precisa configurazione amministrativa ed istituzionale ereditata attraverso la successiva sottomissione ai Longobardi e ai Franchi e alla giurisdizione spirituale di Nonantola.
Lo scarso materiale superstite non documenta i mutamenti istituzionali della giurisdizione civile fino al termine del XIII secolo, quando Bondeno entrò a far parte dei domini di casa d'Este per rimanervi fino alla Devoluzione allo Stato della Chiesa (1598).
Tra la documentazione residua d'epoca estense si vogliono ancora ricordare: un Liber privilegiorum che copre il periodo dal 1332 al 1598, quattro istrumenti notarili compresi fra il 1399 e il 1587, un libro dei livelli della comunità che parte dal 1539 ma che arriva al 1640; si accenna, infine, a copie fedeli del XVIII secolo degli Statuti comunali del 1347, del 1441 e del 1468, questi ultimi confermati nel 1535.

Come si ricava da fonti inedite e da studi recenti, l'Archivio storico di Bondeno ha subito nel corso dei secoli diversi eventi traumatici, come incendi ed inondazioni, tali da segnarne sia l'aspetto patrimoniale sia lo stato delle carte oggi conservate, in molti casi danneggiate.
Dal XVII secolo le cronache testimoniano ripetuti interventi della Comunità di Bondeno e dell'autorità amministrativa di Ferrara, attraverso le decisioni del Legato pontificio, per salvaguardare e provvedere al riordino degli atti dell'Archivio comunale.
A tal proposito, dal 1662 vi furono diverse figure di archivisti impegnati nel riordino delle carte d'archivio che operarono attraverso una ricerca sempre più mirata a fornire un "metodo regolato" di sistemazione. Nel 1764 furono così separate le carte della Comunità di Bondeno da quelle relative all'Abbondanza di Bondeno e alla Cassa del Ponte di Bondeno.
Con l'incarico a Felice Bonati, nel 1790, si arrivò alla compilazione di un inventario generale con relativo repertorio, compilato individuando alcuni titoli ricorrenti in ordine alfabetico.

A conclusione del lavoro fu così individuato un nucleo archivistico ordinato in serie aperte contenenti soprattutto le scritture del XVII e del XVIII secolo. Nel periodo dal 1799 al 1819 il carteggio amministrativo fu ordinato, secondo titoli diversi, entro definite periodizzazioni cronologiche; dal 1819 furono adottate le disposizioni del Legato pontificio, cardinale Tommaso Arezzo, relative all'ordinamento degli Archivi comunali secondo un "rubricario" che, per il Comune di Bondeno, rimase in vigore fino al 1924 quando fu adottato, come sistema di classificazione, il Titolario unico in quindici categorie del 1897.
Allo stato attuale si sta completando il riordino della documentazione archivistica, in attesa di trasferire tutto il materiale di carattere storico presso la nuova sede della Biblioteca Comunale. Sulla base di quest'ultimo intervento il patrimonio documentario risulta suddiviso in Archivio antico (1332-1804), Archivio moderno (1796-1961) e Archivi aggregati.