* Serie I, 1391-1851, bb. 168
Si tratta di fascicoli ordinati cronologicamente e numerati da 1 a 7251.
* Serie II. Miscellanea, 1603-1898, bb. 20
La documentazione è costituita da fascicoli numerati da 1 a 105.
* Serie III. Università Pontificia, 1620-1862, bb. 49
* Serie IV. Università Libera, 1852-1942, bb. 297

Sigilli dei Giuristi e dei Medici Artisti
Serie V. Registri, Annuari e Annali
1824-1942, regg. 301 e bb. 142
* Compendio cronologico, sec. XIX, regg. 4
Si tratta dello strumento di corredo della documentazione denominata Serie I. I documenti sono descritti in ordine cronologico secondo la seguente ripartizione:
* reg. 1, anni 1391, 1473, 1573-1799
* reg. 2, anni 1799-1831
* reg. 3, anni 1831-1835
* reg. 4, anni 1836-1851
- Inventario, sec. XX, reg. 1
Si tratta dello strumento di corredo alla documentazione denominata Serie II, Serie III, Serie IV, Serie V.
All'Archivio Storico sono in carico due raccolte librarie:
Raccolta denominata Libri storici, costituita da 484 volumi di cui è in corso la redazione del catalogo;
Raccolta denominata Fondo librario di storia della medicina, proveniente dalla biblioteca dell'Arcispedale Sant'Anna, di cui è in corso la redazione del catalogo a cura di Caterina Zaghini.
All'Archivio Storico sono in carico anche la conservazione delle pubblicazioni edite dall'Università degli Studi di Ferrara, tutte afferenti al XX secolo, raccolte alla data del sopralluogo in 97 buste e pubblicazioni diverse di medicina, del XX secolo, raccolte in 16 buste.